24ème siècle. Alors que l'Enterprise patrouille au fond de la galaxie, le capitaine Picard et ses hommes reçoivent un SOS : les terribles Borg, mi-hommes mi-machines, sont en train d'attaquer la Terre afin de changer l'histoire de l'univers. Pour les contrer, une seule solution : les suivre et remonter trois siècles plus tôt, à l'heure du premier contact avec les Vulcains...