Alors que l'équipe des S.E.E.S doit affronter toujours et encore des Shadows, ils doivent malheureusement faire face à la mort de proches. Cela leur permettant d'être plus fort, les S.E.E.S sont plus déterminés que jamais à en finir avec la Dark Hour. C'est à ce moment là que Makoto fait la rencontre d'un élève plutôt mystérieux du nom Ryoji Mochizuki, un tout nouvel élève transféré dans sa classe.