Austin Powers s'est très bien adapté aux années 90, mais le sinistre docteur Denfer rêve toujours de l'éliminer. Pour cela, il construit une machine à remonter le temps pour retourner en 1969 afin d'extraire la libido d'Austin Powers, son "mojo", tandis qu'il est congelé. Austin Powers, dépossédé de son pouvoir d'attraction, doit lui aussi remonter le temps afin d'affronter son ennemi mortel et récupérer son mojo.