Il existe une légende urbaine selon laquelle il y aurait un shinigami qui peut libérer les gens de la souffrance qu'ils peuvent ressentir. Cet "Ange de la Mort" a un nom : Boogiepop. Et les légendes sont vraies. Boogiepop est réel. Quand une vague de disparitions impliquant des étudiantes éclate à l'académie de Shinyo, la police et l'établissement supposent qu'il s'agit juste d'une série de fugue. Mais Nagi Kirima, un étudiant de l'académie, le sait. Quelque chose de mystérieux et de mauvais est en train de se produire. Est-ce Boogiepop, ou quelque chose de plus sinistre ...?