Mike, un lycéen comme les autres, voit sa vie changer du jour au lendemain, quand il découvre qu’il est le dernier successeur d’une grande lignée de ninja. Avec Owen, son meilleur ami, et Amanda, la jolie blonde populaire sur laquelle il craque depuis des années, ils deviennent les Supah Ninjas. Guidés par une représentation holographique du grand-père de Mike, le maître Ninja va apprendre à maîtriser les arts martiaux aux trois ados. Entre les cours, les séances d’entrainements et les combats à Empire City, le trio va avoir de quoi faire.