Dans un futur ravagé et dominé par les humanoïdes, deux hommes vont se rencontrer et changer à tout jamais le destin de l'univers. Le premier, c'est Albator, le commandant d'un vaisseau-cargo. Il s'efforce de garder son indépendance dans le conflit qui oppose la Terre et le reste de l'univers aux Humanoïdes. Le second, c'est Alfred, un ingénieur-mécanicien. Il a construit secrètement un vaisseau de guerre, l'Atlantis, et recherche l'homme qui pourra le piloter…