Nous sommes en 2020. Les humains ne peuvent désormais plus se passer du réseau dans leur vie quotidienne. Mais ils ignorent que, de l'autre côté, existe le Monde Digital, un royaume entre ombre et lumière. Ils ne connaissent pas non plus l'existence des Digimon qui y vivent. Tout à coup, le réseau connaît plusieurs dysfonctionnements. Le jeune Taichi Yagami est resté chez lui pendant que sa mère et sa petite sœur sont parties pour le quartier de Shibuya. Mais leur train ne s'arrête plus et tandis que Taichi part vers la gare pour essayer de les sauver, un phénomène étrange le transporte dans le Monde Digital. Il fait alors la connaissance de son nouveau partenaire, Agumon...